En su condición de límite o frontera entre sierra y llano se haya el municipio del Molar, donde hemos hecho un recorrido a sus características actuales, sin embargo, sería interesante, para entender de sus formas, su localización y sus características estructurales, hacer un recorrido por su geografía y su historia geológica.
Dicha historia geológica se la han venido dividiendo los geólogos en Eras donde han ido ocurriendo los movimientos orogénicos y los accidentes geográficos que han moldeado el relieve y los paisajes del globo terráqueo.
En lo que se refiere a la historia geológica de El Molar, podemos dividirlo en las siguientes eras:

Durante la ERA PRIMARIA, se produjo uno de los más importantes plegados del relieve durante el periodo llamado Herciniano. En él los movimientos orogénicos del interior de la tierra lograron que, por el choque entre placas, se levantaran los principales macizos de la corteza terrestre y, por consiguiente, se hundieran otras zonas. Durante milenios, y en épocas posteriores, fueron erosionados y arrasados, aunque nos han quedado aún como testigos, restos del antiguo Escudo o ZOCÁLO, en forma de grandes llanuras, artesas y cerros. En lo que se refiere a la era primaria, en el terreno que rodeaba el municipio de El Molar, apuntar que estaba compuesto por un suelo rocoso, rígido y cristalino que se nos muestra metamorfoseado en gneis con emanaciones graníticas y filones de pegmatitas en el Norte del término, en su dehesa boyal y en buena parte del llano que ocupa la actual edificación de El Molar.

Rodeando este primitivo suelo, denominado MACIZO METAMÓRFICO DE SAN PEDRO, aparece un arco compuesto de cerros calizos, más o menos arrasados, a cuyos pies se asienta la villa de El Molar y donde se cavaron sus famosas cuevas. Esta franja caliza representa los restos de las faldas de las montañas calcáreas desaparecidas durante el terciario y que nos han quedado hoy en forma de cerros testigos, denominados como Cerro de la Atalaya, El CABEZO, La TORRETA, LA CORNEJA.
De esta misma época es también, y por efecto de los movimientos orogénicos, que levantaban el terreno pero también lo rompían, la famosísima FALLA de EL MOLAR, visible en esa Puerta de la Sierra que supone la trinchera abierta para el paso de la carretera N-I, que configuró la cubeta sedimentaria del Tajo al sur y la Cordillera Central peninsular al Norte de la misma.

Debajo de los cerros del Cabezo y la Atalaya se observan sedimentos areniscos del Albense donde se encuentra además de cuevas para el vino, las cuevas de Los areneros, que fueron explotadas para la elaboración de vidrios y abrasivos.

Es por tanto la Era SECUNDARIA un periodo de descanso en los movimientos orogénicos, propiciándose por tanto los procesos de erosión y destrucción del relieve levantado en la era primaria, que en la Era TERCIARIA, se sedimentó en la zona en la llamada llanura o cubeta sedimentaria del Tajo. Esta, se formó por colmatación de un gran lago interior. Hoy, sin embargo, está muy abarrancada formando cientos de vallejos y lomas como resultado de la erosión provocada por los agentes atmosféricos durante el CUATERNARIO.

En esta era no hay tampoco movimientos orogénicos, se observa, sin embargo, a todo lo largo de la ribera del río Jarama, la formación de sus terrazas y de los grandes depósitos de cantos rodados que el río ha sedimentado en sus márgenes. Con estas mismas características aparece una franja de Cuaternario en un extremo sudoeste del término debido a los depósitos del río Guadalix.